يتوقع أن تحدث خلافات حادة خلال المرحلة القادمة بين مشيخة الأزهر الشريف ووزارة الخارجية المصرية، حيث رفض الدكتور محمد سيد طنطاوي شيخ الأزهر تدخل وزير الخارجية أحمد أبو الغيط في إطلاق فتاواه السياسية باعتبار ذلك حقا شرعيا لشيخ الأزهر يتحمل مسؤوليته أمام الله عز وجل مادامت هناك ضرورة شرعية لإطلاق الفتاوى سواء كانت سياسية أو اقتصادية أو في جميع المجالات·
كان أحمد أبو الغيط وزير الخارجية قد طلب عدم إفتاء طنطاوي أو لجنة الفتوى بالأزهر في الفتاوى السياسية، إلا بعد عرضها على وزارة الخارجية لبحثها من النواحي والأبعاد السياسية وتأثيرها على الجوانب التي يمكن أن تخفى عليهم ولا يعلمون خطورتها، خاصة بعد مقتل السفير المصري في العراق إيهاب الشريف، مما أغضب طنطاوي جراء هذا التدخل من قبل وزير الخارجية والذي اعتبره بمثابة وصاية لا يمكن قبولها على مشيخة الأزهر لأنها مؤسسة وقلعة دينية لا وصاية لأحد عليها في إطلاق آرائها وفتاواها الشرعية·
يعيب البعض على مشيخة الأزهر أنها تتبع الحكومة المصرية وليست هيئة مستقلة·
